Tandis que Teal'c aidé de son fils, détruit l'arme d'Anubis qui menaçait la Terre, O'Neill réussit à aller larguer la porte qui mençait d'exploser, à des millions d'années lumière dans une galxie lointaine, en passant dans l'espace.
M06.03 Réunion
Sg1 aborde le vaisseau mère Goa'uld en orbite autour de la Terre, mais celui ci s'écrase dans l'océan. Une équipe de sauvetage leur vient en aide. Lorsqu'ils se rendent compte que le vaisseau était celui de Thor avait été capturé par Anubis, sg1 tente de télécharger son esprit, qui a pris le contrôle de l'ordinateur.
M06.04 : Prisonnière des glaces
Au cours de fouilles autour du site où la porte de l'Antarctique avait été retrouvée, les chercheurs découvrent un corps de femme dans un état de conservation étonnant. Alors qu'ils commencent à l'étudier, ils s'aperçoivent qu'elle a survécu à la cryogénisation et ils réussissent à la réanimer.
M06.05 : L'Expérience secrète
Un savant qui disparait bizarrement dans une petite ville de province, oblige sg1 à sortir de sa base et aller au devant de surprises peu agréables.
M06.06 : Abysse
O'Neill se réveille dans la base secrète du Seigneur Ba'al. Il ne se souvient pas de ce qui lui est arrivé car c'est Kanan, son symbiote Tok'ra qui le controlait. Alors que Ba'al le torture pour lui faire avouer les raisons de sa présence. O'Neill voit Daniel lui apparaitre. Les membres de sg1 retiennent le conseillé Tok'ra Thoran : ils veulent le forcer à les aider à retrouver O'Neill.
M06.07 : Résistance
Les Kéloniens, le peuple dont Jonas est originaire, craignent que les deux autres puissances qui controlent leur planète ne s'allient et ne leur déclarent la guerre. Ils demandent au SGC une assistance militaire pour pouvoir se défendre sans utiliser la nouvelle arme mis au point : une bombe au Naquadriah, un isotope extrêmement radioactif.
M06.08 : Acte de bravoure
Alors qu'ils escortent un groupe de recherche, les membres de sg1 sont capturés par les hommes de Khonsu. Deux des scientifiques s'inflitrent à bord du vaisseau Goa'uld pour libérer O'Neill et son équipe, qui leur apprennent qu'ils se sont en fait laissés capturer pour rencontrer discretement Khonsu, un agent double de la Tok'ra.
M06.09 : L'union fait la force
M06.10 : La Reine
Sg arrive sur une nouvelle planète : Pangar. En gage d'amitié, les Pengaris leur offrent une fiole de Trétonine, un produit qui leur permet de jouir d'une santé parfaite. Teal'c et Jonas s'introduisent dans le centre de recherche qui fabrique le médicament et découvrent que les Pangaris élèvent des symbiotes Goa'uld en captivité.
M06.11 : Prométhée
Une journaliste et son équipe assaillent Carter de questions au sujet du projet top secret 'Prométhée'. Pour éviter qu'il ne soit révélé au public, le SGC accepte d'accueillir l'équipe de télévision à bord du prototype de vaisseau interstellaire. Les journalistes s'emparent de l'appareil et demandent que soient relâchés le Colonel Simmons et Adrian Conrad.
M06.12 : Evolution
Les Asgards demandent à sg1 de se rendre sur une planète contrôlée par les Réplicateurs afin de remettre en marche un piège temporel censé les retenir sur place. Une fois débarqués, les membres de l'équipe rencontrent une nouvelle forme de vie : 'les Réplicateurs humanoides'.
M06.13 : Hallucinations
Sg1 trouve une mystérieuse machine construite par les Anciens. Une fois celle ci ramenée au SGC, d'étranges créatures commencent à se manifester.
M06.14 : Ecrans de fumée
O'Neill est accusé de l'assassinat du Sénateur Kinsey. Une cassette vidéo le montre sortant de l'immeuble situé juste en face des lieux de l'attentat. Hammond, persuadé de son innocence, demande à Sog-un de mener l'enquête.
M06.15 : Paradis perdu
Le Colonel Maybourne propose à Jack de lui donner les coordonnées de la planète où Simmons avait localisé une cache d'armes des Anciens. Cependant, il exige de participer à la mission.
M06.16 : Métamorphose
L'équipe Sg russe ramène à la base le représentant d'un peuple dont le Goa'uld Nirrti se sert pour des expériences scientifiques. Sg1 se rend sur la planète et essai de convaincre le peuple que Nirrti les utilise et surtout que ce n'est pas une déesse...
M06.17 : Secret d'Etat
L'explosion en mer du vaisseau Goa'uld n'est pas passée inaperçue. Le général Hammond reçoit les ambassadeurs chinois, anglais et français au Pentagone pour leur révèler la vériter sur le projet 'Portes des étoiles'.
M06.18 : Les Rescapés
Sg1 découvre trois humains de la planète Hébridan dont le vaisseau s'est écrasé sur une Terre déserte. Ils sont aussitôt attaqués par des créatures qui cherchent à tuer les trois naufragés.
M06.19 : La Porte des rêves
Teal'c fait des cauchemars. Dans certains, c'est un pompier, et Shan'auc est auprès de lui. Dans d'autres, il est à la porte des étoiles, mais rien ne s'y déroule normalement.
M06.20 : En quête du passé
Sg1 accompagne l'équipage du Prométhée pour son voyage inaugural. Un accident en hyper propulsion les oblige à éjecter le réacteur. Privés de leur seul moyen de rentrer chez eux, les Terriens se dirigent vers une planète proche qui pourrait possèder une porte des étoiles.
M06.21 : La Prophétie
Sg1 cherche à libérer une planète sous le joug de Mot, un serviteur de Ba'al qui exploite une mine de Naquadah. Soudain Jonas s'évanouit : le docteur Frasier diagnostique une tumeur au cerveau. A son réveil, il manifeste d'étranges capacités de prémonition.
M06.22 : Pacte avec le diable
Daniel apparait à O'Neill : il lui demande de se rendre sur Abydos pour retrouver 'l'oeil de Râ', une relique très puissante convoitée par Anubis. Il pourra compter sur les Abydoniens et sur Skaara pour l'aider...
Sg1 accueille les survivants d'une base Tok'ra sur le site Alpha, où sont déjà regroupés des réfugiés Jaffa. Les deux peuples se méfient l'un de l'autre et des tensions apparaissent. Quand la Tok'ra est retrouvé mort, les soupçons se portent sur un Jaffa, qui est assassiné à son tour. Les alliés sont au bord d'une lutte fratricide.
Pour empêcher Anubis de détruire la Terre, O'Neill et Carter vont essayer d'aller chercher de l'aide dans la galaxie, mais le X-302 qui devait permettre de traverser l'hyper espace ne fonctionne pas. Teal'c aimerait les aider mais il vient de perdre sa femme Drey'auc.